1939 m. spalio 10 d. J. Urbšys ir V.Molotovas savo vyriausybių vardu pasirašė Lietuvos-Sovietų sąjungos savitarpio pagalbos ir Vilniaus ir Vilniaus srities perdavimo Lietuvai sutartis. Abi susitariančios šalys įsipareigojo teikti viena kitai visokeriopą pagalbą, nesudaryti viena prieš kitą jokių sąjungų, nedalyvauti jokiose koalicijose prieš kurią nors jų. Be to, Sovietų sąjunga įvedė į Lietuva 20 tūkstančių Raudonosios armijos karių. Sovietų sąjunga, prieš atiduodama Vilnių Lietuvai, miestą visiškai suniokojo.Buvo išvežti visi vertingesni daiktai, plėšiami gyventojų butai. 1939 m. spalio 27 d. 9 val. Lietuvos kariuomenė įžengė į Vilniaus kraštą.Tačiau Sovietų sąjunga grąžino tik ketvirtadalį tos teritorijos, kuri priklausė Lietuvai 1920 m. liepos 12 d. taikos sutartimi.
20 tūkst. į Lietuvą įžengusių raudonarmiečių buvo dislokuoti Naujoje Vilnioje, Alytuje, Prienuose bei Gaižiūnų poligone (netoli Kauno). Čia jie susidūrė su nauja, jiems neįprasta aplinka. Lietuvoje tuo metu buvo aukštesnis ekonomikos lygis nei Sovietų sąjungoje.Bolševikai ir jų šeimos čia rado daug geresnes gyvenimo sąlygas. Karininkų žmonos tiesiog siaubė parduotuves, pirko viską iš eilės, nes kainos jiems čia atrodė juokingai žemos, o prekių kokybė nepalyginti geresnė. Dar dabar tuos laikus matę žmonės šypsosi, prisimindami, kaip kareivių žmonos vaikščiojo po miestą apsivilkusios apatiniais marškiniais, galvodamos jog tai suknelės. Atvykus tokiai gausybei žmonių, reikėjo juos apgyvendinti, suteikti kitas būtinas gyvenimui paslaugas. Matydami geresnes gyvenimo sąlygas kariai ėmė bėgti iš savo dalinių, dezertyruoti. Iš pradžių buvo stengiamas nuslėpti šiuos faktus, bet vėliau Kremlius apkaltino Lietuvos vyriausybę, kad ji blogai elgiasi su kariais, juos grobia, žudo. Lietuvos vyriausybė nepriėmė šių kaltinimų, bet prižadėjo reikalą ištiri.
1940 m. birželio 14 d. iš Maskvos buvo gauta telegrama, kurioje rašoma, kad Lietuva pažeidžia Savitarpio pagalbos sutartį, nes neva pagrobė ir kankino Sovietų karius Pisarevą ir Šmavgoneckį, nužudė Butajevą (kuris iš tikrųjų pats nusišovė, užkluptas saugumo policijos seklių), suiminėjo ir siuntė į koncentracios stovyklas piliečius, kurie aptarnavo sovietų kariuomenės dalinius. Tai buvo visiškai nepagrįsti kaltinimai. Taip pat Lietuva buvo kaltinama ir tuo, kad sudarė karinę santarvę su Latvija ir Estija. Sovietų sąjungos vyriausybė laikė, kad ši santarvė yra nukreipta prieš Sovietų sajungą. Ji kaltino Lietuvą, kad ši šiurkšių būdu sulaužė sutartį, kuria abiems šalims draudžiama “sudaryti bet kokią santarvės sutartį ar dalyvauti koalicijose, nukreiptose prieš vieną iš susitarusiųjų šalių (sutarties 6 str.)”.

Sovietų sąjungos kariuomenės įvedimas į Lietuvą 1939 m.